La cité existait très certainement à l'époque romaine : Portus Abucinus cité dans la Noticia Gallirum et des Actes de Saint-Urbain, évêque de Langres. Une voie romaine la traversait, des ruines ont été retrouvées sur la commune. Une première villa de 150 mètres a été fouillée et mise à jour par un archéologue portusien Gustave Gallaire au milieu du siècle dernier.

Des fresques, des fragments de mosaïques, des fûts de colonnes, des urnes, des vases, des balances romaines... ont été découverts, mais ces pièces ont disparu.

Une autre construction d'origine romaine est à observer sur un petit vallon. Dans le lit de la rivière, en face du Magny, demeurent les vestiges d'un viaduc romain par lequel passait la voie romaine qui allait du Rhin à Langres. Sur le plateau de la "vigne au père" derrière l'Eglise en bordure de falaise était l'emplacement de l'ancien castrum de Port.

A l'époque romaine, la Saône permettait aux Romains d'apporter des produits d'Italie et du Midi. Ils remontaient ainsi jusqu'à Port-sur-Saône avec les lourdes barques qui venaient de Marseille, Lyon ou Gray.

Les marchandises les plus lourdes utilisaient ensuite la voie de terre, Port-sur-Saône devenant un lieu de rupture de charge, d'organisation d'un portage vers le Nord et la Meuse.

Beaucoup plus tard, au XVIIIe siècle, la Saône commença à porter des petits bateaux à partir de Cendrecourt en période de grande crue, mais elle n'était toujours réellement navigable qu'à Port-sur-Saône où les embarcations, par milliers, ne pouvaient pas descendre là aussi qu'à la faveur des crues.

Bien avant la construction du canal, de nombreux trains de bois venant des confluents de la Lanterne et du Coney descendaient la Saône pour se diriger sur Lyon.

Leurs passages n'avaient lieu qu'en temps de crue, au printemps et à l'automne, cette dernière étant baptisée la crue de Saint Valère.

Ces embarcations étaient montées par 10 à 15 personnes et gouvernées à l'aide d'une longue perche, de fortes rames placées à l'arrière et manoeuvrées par plusieurs hommes.

La canalisation des rivières par barrages mobiles éclusés a fait naître les grandes batelleries de canal fractionné.

Elle a également entraîné l'apparition de nouveaux bateaux, aussi longs et larges que les anciens bateaux fluviaux mais beaucoup plus profonds, les chalands, d'abord en bois puis en fer, qui atteignent une capacité de charge de mille tonnes et plus.

La navigation sur la Saône a été transformée avec la construction des canaux, dynamisée après la défaite de 1870 et l'annexion de l'Alsace et la Lorraine.

En 1884, le canal de l'Est, long de 505 km, relie Nancy à Lyon et le canal de la Marne à la Saône donne au Rhône une nouvelle importance.

Malgré cela, même les ports importants tel que Gray, ne pourront résister à la concurrence du chemin de fer (trois lignes se sont construites en 1856) et à l'application des traités de commerce de 1860, sonnant ainsi le glas au début du XXe siècle de la navigation commerciale.

Aujourd'hui, elle se poursuit tant bien que mal, mais ce sont les bateaux de plaisance du tourisme fluvial qui ont remplacé les grandes péniches au passage de l'écluse de Port-sur-Saône.

Loin du trafic animé du canal et de son écluse, la Saône offrait d'autres distractions aux habitants de Port-sur-Saône et des alentours. Les lieux paisibles de la Saône étaient propices aux pêcheurs. Les lavandières se retrouvaient pour la lessive. La plage, inaugurée en août 1936, proposait des installations modernes avec cabines, parasols, plongeoirs, dans un site inondé de verdure attirant grand nombre de visiteur.